四川成都赛区记录台计时错误事件：1999年3月3日、3月7日，在四川成都赛区四川队分别对山东和吉林进行了两个主场比赛。在第一场比赛中发生了记录台计时错误的严重事件，使整场比赛少打了三分钟。在第二场比赛中发生了记录台记录员的严重失误，吉林队第三节比赛中投中的一个三分球被误记到两分格内，致使比分出现错误。中国篮协对事件一的处罚：对赛区给予严重警告和罚款，对当事人(记时员)给予停止本赛季工作资格的处分，并建议原四省体委撤销或降低其裁判员等级称号。对事件二的处罚：对赛区给予黄牌警告，罚款15000元，并责令赛区迅速制定整改措施，如再次发生严重违纪行为，将取消比赛的主场资格。
增设新闻监督：1999年3月14日，从本届联赛第20轮起，对每一轮的重点场次比赛增设新闻监督。
四川队违规遭降级处理：1999年5月19日，中国篮协针对四川男子篮球俱乐部在球员转会上有违规行为，做出处罚决定：取消四川队1998～1999赛季希尔顿全国
男篮甲A联赛第十名的成绩，球队降至B组；罚款一万元；建议四川省体委对该事件的主要责任人给予行政处分。
联赛总排名
1.八一队 2.辽宁沈飞队 3.广东宏远队
4.北京首钢京师队 5.山东永安队 6.上海东方队
7.北京奥神队 8.浙江万马队 9.吉林队
10.江苏南钢队 11.双星济军队 12.四川蓝剑队
联赛各奖项得主
最有价值球员：孙军(吉林队)
最佳教练员：王非(八一队)、李秋平(上海队)
最佳防守：王治郅(八一队)
最佳新人：张成(江苏队)
最有进步球员：姚明(上海队)
最佳助攻：李晓勇(辽宁队)
最佳体育道德风尚奖：张劲松(八一队)
杰胜(四川队)
金笛奖：马立军(北京国际级)
银笛奖：王卓平(浙江国际级)、李平(山东国际级)
最佳赛区：宁波赛区、烟台赛区
优秀赛区：东莞赛区、上海赛区、济南赛区、沈阳赛区、北京赛区
优秀
啦啦队：北京赛区
常规赛相关数据
项目 数量 球队
胜场最多 21场 八一队
负场最多 20场 双星济军队
球队单场最高比分 广东队146：141辽宁队
球队单场最高得分 147分 八一队
球员单场最高得分 54分 杰胜(四川队)
球队单场最低得分 63分 双星济军队
球员三双
姚明(上海队) 38分1 5个篮板球 1 2次盖帽
詹姆斯(辽宁队) 26分l 5个篮板球 1 O次扣篮
在全部162场比赛中，有115场比赛、147队次的比分超过100分，场均得分超过100分的有5个队。比分相差10分的比赛有67场，占总场次的41%。比分相差5分的有13场，相差3分以内的有15场，另有8场球通过加时赛决出胜负。
全明星赛
时间：1999年5月8日
地点：上海市长宁体育馆
结果：北方队102：87南方队
全明星阵容
北方队
主教练：叶鹏(山东队)
助理教练：吴庆龙(辽宁队)
后卫：李晓勇、郭士强(辽宁队)，鞠维松(山东队)
中锋：巴特尔(北京队)，巩晓彬、纪敏尚(山东队)
前锋：孙军(吉林队)、马健(北京奥神队)、陈照升(济南军区队)、詹姆斯(辽宁队)
南方队
主教练：王非(八一队)
助理教练：李秋平(上海队)
后卫：范斌(八一队)、李群(广东宏远队)、杰胜(四川队)
中锋：王治郅(八一队)、姚明(上海队)、余乐平(浙江队)
前锋：刘玉栋、张劲松(八一队)、章文琪(上海队)、朱东(四川队)
全明星扣篮大赛冠军：詹姆斯(江苏队)
全明星远投大赛冠军：李晓勇(辽宁队)
来源：新浪体育
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